Jadual harian pelajar disusun dengan pelbagai aktiviti berpandukan peraturan-peraturan yang telah ditetapkan oleh pihak MUTQAN agar dapat melahirkan pelajar-pelajar yang mempunyai disiplin yang tinggi. Aktiviti-aktiviti ini merangkumi tarbiyyah ruhiyyah dan jasadiyyah yang bermula seawal pukul 4.00 pagi sehingga pukul 10.30 malam.

​

Tarbiyah ruhiyah yang diterapkan bukan sahaja menjadi rutin bagi pelajar malah menjadi kewajipan dalam kehidupan mereka. Amalan kerohanian ini bertujuan supaya para pelajar dapat membudayakan kehidupan islamik dimana sahaja mereka berada.